準々決勝にてガエル・モンフィスを劇的な勝ち方で退けた錦織。準決勝では前回ロンドン五輪覇者のマレーと対戦。サーブが決まらずリズムに乗れない錦織に対し、序盤からマレーがサーブを決めて主導権を握る。
要所で錦織も会場を沸かせるショットは見せたが、最後まで安定したプレーを続けたマレーに跳ね返され、初の五輪決勝進出はならなかった。
#テニス 準決勝で #GBR マレー選手が@keinishikori 選手を2-0で下し、決勝進出。錦織圭選手は3位決定戦へ回ります。 #オリンピック #リオ2016 pic.twitter.com/gG9q5FXhVl
— 国際オリンピック委員会（IOC） (@gorin) 2016年8月13日
健闘を見せた錦織にテニスファンからは、「日の丸にとらわれず、自分自身の挑戦としてナダルに挑んで欲しいです。きっと勝てる」「まさに完敗だった。切り替えるのは簡単ではないが、なんとか3位決定戦は頑張って欲しい」「マレーならしょうがない。そして次はナダル」「錦織圭選手ナダル選手とやるのか！銅メダルとってほしい！」などの声が寄せられている。
錦織は3位決定戦でラファエル・ナダルと銅メダルをかけて争う。連覇を狙うマレーは、今大会の1回戦でノバク・ジョコビッチを倒したフアン・マルティン・デル・ポトロと決勝で戦う。
