日本サッカー協会は9月28日、10月に行われるキリンチャレンジカップのニュージーランド戦（10月6日）、ハイチ戦（10月10日）に臨む日本代表メンバー24人を発表した。
ハリルホジッチ監督は本田について、「現時点のコンディションでは代表でプレーできない」と説明。怪我による不調が招集見送りの判断材料となった。
代表発表会見から数十分後、本田は自身のツイッターに、27日にリーグ戦2点目を挙げたニュース記事とともに、「先は長い。じっくり確実に進むよ。亀のように。」と投稿。ファンからは、「必ず這い上がってくる本田選手を応援しています」「必ず復活してください！」「こちらも全力で応援します」など応援のコメントが寄せられていた。
先は長い。じっくり確実に進むよ。
— KeisukeHonda(本田圭佑) (@kskgroup2017) 2017年9月28日
亀のように。https://t.co/NKBY1NbG7L
本田の他、長谷部誠（フランクフルト／ドイツ）、岡崎慎司（レスター・シティ／イングランド）もコンディションなどを理由に招集見送りとなった。
